單原子分子或以共價鍵結合的有限分子靠范德華力凝聚而成的晶體，是典型的分子晶體。全部稀有元素單質、許多非金屬單質、一些非極性氧化物和絕大部分有機化合物的晶體，都屬于分子晶體。如果由同種非金屬元素或由異種元素的“無限多”個原子以共價鍵結合而形成的是一個無限大分子的晶體，則屬于原子晶體。范德華力比化學鍵、氫鍵的結合力都弱，所以一般分子晶體的熔點低、硬度小。范德華力沒有方向性和飽和性,所以分子晶體的內部微粒都有形成密堆積的趨勢，特別是球形對稱分子大都采取最密堆積形式。例如，Ne、Ar、Kr、Xe以及HCl、H₂S等晶體都為立方最密堆積（A₁型）、而He和H₂的晶體為六方最密堆積（A₃型）。很多有機化合物晶體，由于對稱性較差，往往堆積得不太緊密。但它的致密程度盡量跟它們的不規則形狀協調一致。例如，在苯的晶體結構中，每個苯分子的平面幾乎跟晶胞的Z軸平行，但分子在差不多互成直角的兩個方向上傾斜于該軸，分子的中心位于晶胞的頂點和面心，形成一種變形的立方密堆積排列，以容納非球形分子。氫鍵是一種分子間相互作用，但不是范德華力，所以由氫鍵形成的晶體不屬分子晶體，而屬于氫鍵型晶體。