體系建立和實施中常見問題：
  領導重視不夠：領導的重視和參與是企業建立和有效實施管理體系的關鍵。這里所說的領導重視不夠，是指食品企業 的管理者沒有把管理體系的重視落實到行動上，沒有使管理體系在組織的各層次得到貫徹執行。由于領導重視和參與不夠，使得整個 組織的人員對體系的作用認識不足、學習不夠，導致體系的文件規定得不到有效的執行，使體系和組織的實際管理要求出現了“ 兩張皮”。
  培訓不足：許多企業的食品安全管理人員沒有受到系統、有效、經常性的食品安全管理體系知識的培 訓。筆者在審核過程中，經常遇到許多人員不知道體系文件規定的情況。這種培訓的欠缺，導致食品企業建立的食品安全管理體系缺 乏符合性和適宜性，也導致實際操作偏離文件規定的情況時有發生。
  專業人員缺乏：目前，食品企業不僅存在招工困 難的問題，而且還突出地存在缺乏掌握食品安全、食品檢測和管理體系要求知識的專業人員的問題。食品企業由于受種/養殖基地的限 制，大多位于鄉村或城郊，因受生活條件的影響，食品企業很難招到相關專業的高學歷人員。企業保持和實施已建立的管理體系所需 的合格的內審員更是缺乏。
  體系持續改進性欠缺：由于存在以上問題，使得有些食品企業很難進行一次像樣的內部審 核，普遍存在內部審核不深入、走過場的現象，難以發現體系運行中存在的問題，改進體系更無從談起；即使在內部審核時發現了問 題，也往往只是糾正，而不能夠采取有效的糾正措施或預防措施，造成體系的有效性大打折扣。
  實驗室檢測能力低： 除了大型的食品企業外，許多小型企業實驗室不健全，缺乏檢測設備和檢測人員。產品合格與否經常依賴官方的抽檢或委托檢驗等， 阻礙了體系要求的日常監測工作的開展實施。

  體系運行中常見問題：
  一是可追溯系統沒有建立或產品的可追溯性不能實現。
  二是 沒有對產品召回程序進行詳細策劃，建立的召回程序過于簡單，可操作性差，也沒有進行模擬演練以對程序合理性和可操作性進行驗 證。
  三是應急準備和響應程序中對應急情況的識別不到位，防止應急情況發生和發生時應急措施的制定不到位，沒有 將文件要求的內容對員工進行培訓，也沒有在可行時進行演練。
  四是設備管理等文件沒有考慮食品安全方面應注意的 事項，如為防止食品污染，對設備維修后油污清理工作的要求沒有體現等。
  五是文件和記錄的控制不符合要求，表現 為文件未經批準就使用、作廢文件與現行文件并存、找不到文件及記錄、記錄不按照規定分類存檔、不按照規定期限保存、沒有規定 記錄保存期限等。
  六是計量器具的管理不符合要求，表現為不按照要求定期檢定/校準、校準方法沒有科學依據、不標 明計量器具的校準狀態等。