食品出現的安全危害來源于兩個方面－食品加工環境和加工過程中物理的、化學的和生物的污染；食品加工工藝流程不合理或控制不良所造成的食品不安全。只有對以上兩方面實施了有效的控制，才能使最終產品是衛生的、安全的。

    SSOP具體列出了衛生控制的各項目標，包括了食品加工過程中的衛生、工廠環境的衛生和為達到GMP的要求所采取的行動。SSOP的正確制定和有效執行，對控制危害是非常有價值的。如果SSOP實施了對加工環境和加工過程中各種污染或危害的有效控制，那么按產品工藝流程進行危害分析而實施的關鍵控制點（CCP）的控制就能集中到對工藝過程中的食品危害的控制方面。按FDA的說法，就是“確定哪些危害是由加工者的衛生監控計劃來控制的－將它們從HACCP計劃中劃出去，只余下少數需要在HACCP計劃中加以控制的顯著危害”。因此，HACCP計劃中CCP的確定受到SSOP有效實施的影響，或HACCP體系建筑在以GMP為基礎的SSOP上。SSOP可以減少HACCP計劃中的CCP數量。把某一危害歸類到SSOP控制而不列入HACCP計劃內控制絲毫不意味著對其控制的重要性有所降低或表明未作為優先控制加以考慮。事實上，危害是通過SSOP和HACCP的CCP共同予以控制的。例如工廠的衛生、人員的衛生和嚴格的操作程序，在控制熟制品中的李斯特菌危害方面完全同處于HACCP計劃中，作為CCP的實質性加熱和冷藏工序一樣，且有同等重要的意義。這就是為什么美國21CFR－123法規要求地進口驗證時，同時提供HACCP和衛生監控記錄的原因。

    當工廠實施了SSOP后，HACCP就能更為有效，因為HACCP體系就能集中到與食品或其生產過程中相關的危害控制上，而不是在生產衛生環境上，HACCP計劃更加體現特定食品危害控制屬性。反之，也可以把衛生控制作為HACCP計劃的一部分，但在這種情況下，各項衛生控制必須具有CCP的所有特性，如確定關鍵限值、建立監控、糾正措施、記錄保持和驗證程序。

    值得注意的是，并非所有的食品生產都必須具有HACCP計劃。某些低風險食品經過危害分析后，沒有發現顯著危害，從而不需建CCP，因此，也就可以沒有HACCP計劃。但食品加工企業按照食品法規的強制性要求，即沒有HACCP計劃，工廠的生產衛生也必須達到GMP的規定。任何衛生計劃中的一個重要部分是監控，監控體系應能確保生產的條件和狀況符合SSOP的規定。