一.輪作換茬。根據致病菌在土壤中存活時間長的特點，在茬口安排上要與大白菜、甘藍、大蒜、大蔥等作物實行5年以上的輪作，是減少或杜絕辣椒根腐病發生的重要栽培條件。
  
   二.杜絕初浸染源。要解決大棚栽培辣椒的育苗問題，一般情況，辣椒苗要自己解決，如情況特殊需要購買苗子，絕對不要在發病區購買，以有效杜絕因購買苗子而引起辣椒根腐病的傳播發生。
　　
   三.科學管理，防止積水。整地時一頭要挖好排水溝；采用壟栽，做成90厘米的壟距，一壟栽雙行，既利于提早封壟，又利于通風采光和田間管理；使用充分腐熟的有機肥或“5406”三號菌粉500倍液；中后期追肥，采用配制好的復合肥母液隨澆水時澆施，或順壟撒施后澆水，防止人為管理造成辣椒根部受傷。

   四.發病田的隔離。如在辣椒田里發現一株或幾株出現中午萎蔫，晚上稍恢復的情況，就應立即拔除，帶出田外燒掉，然后用土拌石灰掩埋辣椒株附近，隨后封閉全田。
　　
   五.藥劑灌根。定植緩苗后，在發病前用向農4號可濕性粉劑800倍液、40%多硫懸浮劑600倍液，同時混加強力生根劑，隔7～10天對辣椒逐株灌根，連續3～4次。