目前，阿勒泰地區常見的辣椒病害主要有病毒病、炭疽病、灰霉病、白粉病、日燒病(又叫日傷病)、細菌性斑點病(又叫瘡痂病)、疫病等。但分布廣、為害重、影響大的病害主要有細菌性斑點病和疫病，現將其發病規律及綜合防治措施介紹如下：
1、兩種主要病害的病原與發病規律
1．1 辣椒細菌性斑點病的病原與發病規律
辣椒細菌性斑點病的病原菌屬細菌黃單胞桿菌屬。能侵染辣椒、番茄、黃花、煙草、馬鈴薯、枸杞等植物。
病原菌在種子和病殘體上越冬進行初次傳播，每次從氣孔、傷口，害蟲食痕等處侵入，隨風雨、灌溉水、混蟲、農事操作和植株間相互接觸傳播，每年可多次侵染。早期田間如有10％病株，就足以導致全田發病，病重時可造成早期大量落葉、落花和落果，對產量影響極大。
此病高溫、高濕發病嚴重。發病適溫為25--30℃，在7--8月份高溫、多雨季節，特別是在暴風雨后，病害大發生，低洼、密植、土壤偏酸性、管理粗放的辣田發病重。
1．2 辣椒疫病的病原及發病規律
辣椒疫病的病原菌屬鞭毛菌亞門、疫霉屬的一種病原真菌。此病寄主范圍較廣，除辣椒外，還可以危害番茄、茄子、黃瓜、南瓜等。病原菌在土壤中和病殘體上越冬，隨水流或雨滴飛濺進行傳播與侵染。地勢低洼、土壤黏重、長期積水的田塊發病重，降水多的年份或雨后高溫發病重，連作地塊發病重。
2、綜合防治措施
辣椒細菌性斑點病和辣椒疫病兩種病害的病原菌發病規律應貫徹以預防為主，綜合防治的植保方針，因地制宜采用以農業防治為主的綜合防治措施進行防治。
2．1 選育和種植抗病品種，建立無病種子田。
2．2 種子處理
針對細菌性斑點病的種子帶菌特點用55℃溫水浸種10分鐘，然后移入冷水中，催芽播種。或用1：10農用鏈霉素浸種30分鐘后洗凈，催芽播種。
2．3 合理的輪作倒茬，與非茄科類蔬菜輪作2--3年。
2．4 選取用無菌土育苗，保證幼苗無病，健壯，對苗床土用福爾馬林300倍液，或用農用鏈霉素3000--4000倍液或殺毒礬500--800倍液等進行床土消毒。
2．5 精細整地，高垅(高畦)、高栽
辣椒田塊應強調秋深翻、冬灌，促使病殘體分解，加速病菌死亡。同時要求土地平整，修高垅，嚴禁在高低不平的地塊上栽植，在保證成活的情況下，盡量高栽，使用其根莖部處于水位線以上，坡度大的地塊，只要縮短毛渠間距，則有減輕病害的作用。
2．6 合理灌水，采用溝灌，嚴禁大水漫灌和串灌，同時也嚴禁中量雨前后灌水，一般以早晚灌水為宜，中午因水土溫差過大，澆水會降低辣椒的抗病性。
2．7 藥劑防治
田間發現中心病株時開始施藥，對辣椒細菌性斑點病害，可選用硫酸鏈霉素3000--4000
倍液，或77％的可殺得可濕性粉劑400倍液或用1：1：200波爾多液或DT可濕性粉劑800倍液進行葉面噴施，每7--10天1次，連噴2--3次。對辣椒疫病，可選用25％的甲霜靈或58％甲霜靈錳鋅可濕性粉劑600倍液，或64％殺毒礬可濕性粉劑500倍液或40％乙磷鋁錳鋅可濕性粉劑500--800倍液灌根或莖葉噴霧，每7--10天1次，連防2--3次，即可有效地控制辣椒疫病的發生。