因微生物及其毒素、病毒、寄生蟲及其蟲卵等對食品的污染造成的食品質(zhì)量安全問題為食品的生物性污染。這里所說的微生物及其毒素，主要是細菌及細菌毒素、霉菌及霉菌毒素等。
    細菌對食品的污染通過以下幾種途徑：一是對食品原料的污染：食品原料品種多、來源廣，細菌污染的程度因不同的品種和來源而異；二是對食品加工過程中的污染；三是在食品貯存、運輸、銷售中對食品造成的污染。食品的細菌污染指標(biāo)主要有菌落總數(shù)、大腸菌群、致病菌等幾種。常見的易污染食品的細菌有假單胞菌、微球菌和葡萄球菌、芽胞桿菌與芽胞梭菌、腸桿菌、弧菌和黃桿菌、嗜鹽桿菌、乳桿菌等。
    霉菌及其產(chǎn)生的毒素對食品的污染多見于南方多雨地區(qū)，目前以知的霉菌毒素約有200余種，不同的霉菌其產(chǎn)毒能力不同，毒素的毒性也不同。與食品的關(guān)系較為密切的霉菌毒素有黃曲霉毒素、赭曲毒素、雜色曲毒素、島青霉素、黃天精、桔青霉素、層青霉素、單端孢霉素類、丁烯酸內(nèi)酯等。霉菌和霉菌毒素污染食品后，引起的危害主要有兩個方面；即霉菌引起的食品變質(zhì)和霉菌產(chǎn)生的毒素引起人類的中毒。霉菌污染食品可使食品的食用價值降低，甚至完全不能食用，造成巨大的經(jīng)濟損失。據(jù)統(tǒng)計全世界每年平均有2%的谷物由于霉變不能食用。霉菌毒素引起的中毒大多通過被霉菌污染的糧食、油料作物以及發(fā)酵食品等引起，而且霉菌中毒往往表現(xiàn)為明顯的地方性和季節(jié)性。
    影響霉菌生長繁殖及產(chǎn)毒的因素是很多的，與食品關(guān)系密切的有水份、溫度、基質(zhì)、通風(fēng)等條件，為此，控制這些條件，可以減少霉菌和毒素對食品造成的危害。