在種子收獲、脫粒、清選、晾曬、貯藏和運輸過程中，不認真執行技術操作規程易造成辣椒種子混雜。應采取如下措施:①分品種進行收獲，不同品種分別堆放，嚴防機械混雜。②在脫粒、清選、晾曬、貯藏及種子處理和播種等操作中，事先要對場所和用具進行清理，并認真檢查，清除以前殘留的種子。晾曬種子時，不同品種要保持較大距離，以防風吹或人畜踐踏而引起品種混雜。對含水量較高的種子不宜在烈日及水泥地上曝曬，以防損傷種子，影響發芽率。③貯藏、分裝、種子處理時，容器外均應附上標簽。注明品種、等級、數量、純度。④留種地必須與其他品種保持一定的距離。⑤留種田在育苗和田間生長期的不同生育階段，進行田間檢查，隨時進行去雜、去劣、去病。

二、天然雜交所引起的生物學混雜

作為常異交的辣椒，由于隔離不夠而發生不同變種、品種或類型之間的天然雜交(串花)，從而造成非本品種的配子參與受精過程，產生一些雜合個體，這些雜合體在繼續繁殖過程中，就會產生許多重新組合的類型，使原品種群體的遺傳結構發生很大的變化，造成品種的混雜和劣變。防止品種、變種類型間的天然雜交，應進行必要的隔離留種:①機械隔離:主要應用于繁殖少量的原種或原始材料的保存。其方法是在開花期采取花序套裝、網罩隔離和大棚溫室采種等。②花期隔離:主要采取分期播種、分期定植，使不同的辣椒品種的開花期前后錯開，以避免天然雜交。③空間隔離:這是一條最簡單易行的措施。只要將不同的辣椒品種、變種、類型相互隔開100米之外，即可進行留種。三、留種株數過少和連續(近親)繁殖造成退化在良種繁育過程中，留種株數過少并連續強行套袋留種，都會造成品種群內基因型的單純化和遺傳基礎貧乏，從而造成品種的生活力降低，適應性減弱。因此，留種株數不宜過少，也不應連續強行留種。