首先是傷根嚴重。因為采用使用的穴盤空間有限，辣椒根系長到一定程度時就會從盤底的透水孔長出，在育苗床的土壤中扎根繼續生長，菜農在頻繁移動穴盤時就會將辣椒幼苗底部的根系全部切斷，使得根系短時間內無法吸收到足夠的水肥，致使每移動一次辣椒就要緩一次苗。同時辣椒根系不發達、再生能力弱，根系受傷后長出新根的速度較慢，再次下扎深度也有限，導致辣椒抗逆性低。移苗時根部形成的傷口也容易侵染病菌，如果辣椒一旦感染根部病害，尤其是疫霉根腐病等病害，會導致辣椒定植以后出現大面積死棵。

其次是容易形成小老苗。辣椒的苗期過長，幼苗幼苗莖桿出現木栓化，葉片變黃，根系生長速度緩慢，萌發新根的能力變弱，就會導致定植時緩苗慢，辣椒生長勢變弱。

再次是花芽分化不良。辣椒幼苗從長到3～4片真葉時就開始進行花芽分化，這時若頻繁移動幼苗，就會因為傷根嚴重，營養供應不足而導致花芽分化不良，在定植后畸形果多，辣椒前期產量低下。

因此，辣椒育苗時不能頻繁移動穴盤，如果因為育苗過早，倒地不及時而要延長育苗期，可以將其移動到較大的營養杯中，這樣即可減少移動穴盤的次數，避免移動穴盤傷根、影響花芽分化，當辣椒秧苗達5～8片葉時定植即可。