用藥物將魚麻醉，使其呈類似休眠狀態，不能游泳和跳躍，呼吸頻率減慢，代謝降低，耗氧減少，這樣可以大密度長途運輸活魚。選用藥物的原則是對魚藥效高；對人無害；易緩解蘇醒；價廉易購；使用方便，易溶于水；低溫下有效。這里簡單介紹幾種在活魚運輸中的麻醉劑及其用法。

1、巴比妥鈉把活魚放入13．3×10－6的巴比妥鈉溶液內運輸，不久魚就呈昏迷狀態，腹部向上，呼吸減慢，不游動，在水溫10攝氏度時，能麻醉10多個小時，放入清水后5—10分鐘就能緩解蘇醒。

2、苯巴比妥納可按每公斤體重1．11毫升肌肉注射。魚經麻醉后，仰浮于水面，呼吸緩慢。如途中發現魚有跳躍沖撞時，表示藥量不足，應再予以注射適當藥劑，達到麻醉為止。用此法運輸，藥效時間可達8—20小時。

3、乙醚（或95％酒精）用藥棉沾乙醚（體重2－3公斤魚用0．5－0．8毫升）塞入魚口內，2－3分鐘后魚就麻醉，再將魚放入清水桶里或包在水草中或濕布內運輸，一次可麻醉2－3小時，效果亦好。