綠色食品標志的管理分為法律管理、行政管理、消費者監督管理。

    綠色食品標志是一種質量證明商標，使用時必須醫守《中華人民共和國商標法》的規定，一切假冒、偽造或使用與該標志近似的標志，均屬違法行為，各級工商行政部門均有權依據有關法律和條例予以處罰。

    中國綠色食品發展中心是代表國家管理綠色食品事業發展的唯一權力機構，并依照[綠色食品標志管理辦法]對標志的申請、資格審查、標志頒發及使用等進行全面管理。各省（市）綠色食品辦公室是受中國綠色食品發展中心委托的管理部門，履行由中國綠色食品發展中心劃定的職責，在各地政府的領導和支持下，直接為綠色食品企業服務。中國綠色食品發展中心在全國范圍內設立的食品監測網，及各地綠辦委托的環保機構形成的監測網，對綠色良品生態環境及產品質量進行技術性監督管理。

    綠色食品標志經中國綠色食品發展中心授權用戶使用后，如未經中心書面同意，不得再私發附屬證書或轉移標志的使用權于第三者。

    綠色食品標志只能用于按《綠色食品標志管理辦法》規定的程序，逐級審查，檢驗并經中心頒發使用證書的產品或產品有關事宜上，即使與已使用標志產品出自同一生態環境或同一生產過程用戶均不得自行認定其能夠使用綠標。

    在產品包裝上使用標志必須符合《綠色食品標志手冊》的規范要求。做到四位一體即文字、圖標、編號及經中國綠色食品發展中心許可使用綠色食品標志。在其它物體上使用標志需符合《綠色食品標志設計手冊》的規定。

    標志的使用期限為三年，基地標志使用期限為六年，到期前三個月需提前重新申報。在使用期內需向中心交納標志使用費。