凡具有綠色食品生產(chǎn)條件的單位和個人，如申請使用綠色食品標志者，均可成為綠色食品標志使用權的申請人。申請程序如下： 
１．申請人向中國綠色食品發(fā)展中心或所在省、自治區(qū)、直轄市綠色食品辦公室領取申請表格及有關資料。 
２．申請人按要求填寫“綠色食品標志使用申請書”、“企業(yè)及生產(chǎn)情況調(diào)查表”，并連同生產(chǎn)操作規(guī)程、企業(yè)標準、產(chǎn)品注冊商標文本復印件及省級以上質(zhì)量監(jiān)測部門出具的當年產(chǎn)品質(zhì)量檢測報告一并報所在省（區(qū)、市）綠色食品辦公室。 
３．由各省（區(qū)、市）綠色食品辦公室派專人赴申報企業(yè)及其原料產(chǎn)地調(diào)查，核實其產(chǎn)品生產(chǎn)過程的質(zhì)量控制情況，寫出正式報告。 
４．由各省（區(qū)、市）綠色食品辦公室確定省內(nèi)一家較權威的環(huán)境監(jiān)測單位（通過省級以上計量認證），委托其對申請企業(yè)進行農(nóng)業(yè)環(huán)境質(zhì)量評價。 
５．以上材料一式兩份，由各省（區(qū)、市）綠色食品辦公室初審后報送中國綠色食品發(fā)展中心審核。 
６．由中國綠色食品發(fā)展中心通知申請材料合格的企業(yè)，接受指定的綠色食品監(jiān)測中心對其產(chǎn)品進行質(zhì)量衛(wèi)生檢測。同時，企業(yè)須按《綠色食品標志標準設計手冊》要求，將帶有綠色食品標志的包裝方案報中國綠色食品發(fā)展中心審核。 
７．由中國綠色發(fā)展中心對申請企業(yè)及產(chǎn)品進行終審后，與符合綠色食品標準的產(chǎn)品生產(chǎn)企業(yè)簽訂《綠色食品標志使用協(xié)議書》，然后向企業(yè)頒發(fā)綠色食品標志使用證書，并向社會發(fā)布通告。 
８．綠色食品標志使用證書有效期為３年。在此期間，綠色食品生產(chǎn)企業(yè)必須接受中國綠色食品發(fā)展中心委托的監(jiān)測機構對其產(chǎn)品進行抽檢，并履行“綠色食品標志使用協(xié)議”。期滿后，若欲繼續(xù)使用綠色食品標志，須于期滿前半年辦理重新申請手續(xù)。