DGGE、CGGE和TGGE三種方法是基于相同的原理而設計的突變檢測方法，它仍均是根據(jù)DNA的解鏈特性而設計。對于同一定序列組成或的DNA片段來說，它具有恒定的解鏈溫度（Tm），但若其序列發(fā)生改變時，Tm值亦發(fā)生改變，在含有變性因素（變性劑，高溫）的凝膠半進行電泳，當其比鏈解開形成分叉時，電泳遷移的速度就會改變。Tm值主要取決于DNA的堿基組成，序列中出現(xiàn)單堿基替換時，Tm亦發(fā)生改變，電泳遷移率亦改變，此即DGGE、CDGE及TGGE鑒定突變的技術基礎。

1、變性梯度凝膠電泳（denaturing gel gradient electrophoresis，DGGE）

DGGE是檢測基因突變故為精確的方法，它不僅可檢測單一片段的單點突變，對多點突變的檢測亦較容易，該方法與PCR技術相結合，使其能非常快速的對大量標本進行分析。

對于一DNA片段來說，其Tm值與基堿基組或有關，當其堿基組成發(fā)生變化時，Tm值亦改變，因此，對于突變的片段來說，若其在一變性物質線性梯度增加的凝膠上進行電泳時，隨著變性劑濃度的增加，當這種濃度達一定值時突變的DNA片段發(fā)生解鏈而形成分叉，其電泳遷移速度變慢。因此突變的DNA片段與正常的DNA片段電泳的遷移位置有差別，研究證明DGGE可檢出任何糞型的單堿基取代，如果將突變型與正常的DNA片段形成異源雙鏈時，其敏感性大大提高。

2、恒定變性膠電泳（Constant deratarared gel electrophoresis，CDGE）

CDGE是DGGE基礎上發(fā)展起來的基因突變檢測技術，亦是利用突變基因與正常基因片段間Tm值的差異來檢測突變的方法，該方法與DGGE的區(qū)別在于聚丙烯酰胺中的含的變性劑濃度相當于含突變基因片段的Tm值，而且濃度恒定，而不是線性遞增。為了提高DGGE和CDGE的檢測敏感性，通常在一側引物的5'端設計一含GC的區(qū)域（GC-ClampGC鉗），避免了DNA的完全解鏈，從而提高了突變的檢出率，可達100%。

3、溫度梯度凝膠電泳（Temperature gradient gel electrophoresis，TGGE）

該方法是將PCR擴增的產物量一中性聚丙烯酰胺凝膠上，在一溫度線性梯度上升的電場中進行電泳，當DNA雙鏈到達其Tm時，雙鏈解開，形成分叉，而影響電泳遷移率，突變的擴增產物其Tm值與野先型有明顯不同，因而有不同的解鏈區(qū)，從而造成電泳遷移效率的差別，據(jù)此可判斷檢材中DNA有無突變。

由于DGGE及TGGE能區(qū)分不同DNA的堿基構成，所以也越來越多地運用到分析環(huán)境中微生物的群落結構。