由于衣原體主要寄生在宮頸或尿道柱狀上皮細胞內，因此取樣時應盡可能行到更多的柱狀上皮細胞，而不黏液和膿血。女性宮頸取樣：操作人員應先用棉簽或棉球將宮頸口黏液和膿血擦去后扔掉，再用取樣拭子插入宮頸管內并通過鱗柱狀上皮交界處，直到拭子頭看不見為止。旋轉拭子15-20秒鐘取出，注意不要有碰到宮頸外及陰道壁。男性尿道取樣：必須使用專用男用拭子，否則可能造成傷害；取樣前至少一小時應無排尿，排尿將會降低陽性率；取樣時應先用棉簽或棉球將尿道口黏液和膿血擦去后扔掉，再用男用拭子插入尿道內2-4cm，旋轉拭子3-5秒鐘后取出。取尿道口黏液或膿血的拭子不可用本試劑盒檢測。

    取樣后拭子上如事有黏液、血液等分泌物會明顯影響檢測準確性。

    檢測時如果取兩份樣品，檢測結果有可能會不一致。因為取第一份樣品時也許已經帶走取樣部位大部分被感染的細胞，如果在同樣的部位取第二根拭子，其結果必然會因感染細胞減少而降低陽性率。另外，不同部位取樣也可能存在差異。