1．活菌苗：常用者有預防結核病的卡介苗（BCG）、鼠疫活菌苗等。制備活菌苗的關鍵在于獲得減毒或無毒菌株，但該菌株應保持免疫原性。例如卡介苗系將結核桿菌在人工培養基上傳230代（經13年）后獲得。痢疾桿菌的依賴鏈霉素菌株則是通過選擇后獲得的突變株。活菌苗接種后，在體內有一定的生長繁殖能力，類似經型或隱性感染。一般只需接種一次，且需量較小，但引起的免疫效果好，且能維持較長時間。如能以自然感染途徑接種則更為適宜，因除引見全身免疫外，尚能引起局部免疫。其缺點為活菌苗需維持其活力，菌苗的保存需一定的冷藏條件，且有效期短。

　　2．死菌苗：用化學或物理方法將病原菌殺死后仍保持免疫原性可制備死菌苗。常用的死菌苗有霍亂、傷寒、副傷寒甲、乙混合菌苗、百日咳菌苗等。由于病原菌已被殺死，不能繁殖，因此死菌苗用量較大，接種后可能出現局部腫痛或發熱等全身反應。死菌苗大多需要多次接種才能獲得較好的免疫效果。為減少死菌苗的接種次數，現常將不同種類的死菌苗作合理混合，制成聯合菌苗，如傷寒菌、甲、乙型副傷寒菌混合的三聯菌苗。