由于脂肪消化酶與脂肪本身在溶解性方面的差別，所以，脂肪消化過程的第一個問題便是如何克服脂肪不溶于水的特性，努力地增加與消化酶的接觸面積。顯然，由脂肪的特性所決定的接觸面積的擴大只有建立在將脂肪高度分散的基礎上。消化道的“機械性攪拌”，加之隨同脂肪一起被攝入的其他食品成分以及消化液的分散作用和乳化作用，可以基本上將脂肪分散均勻。在這一過程中，乳化作用始終是十分重要的。主要的起乳化作用的物質大致有隨同食物一起攝入的成分如卵磷脂、消化液成分(主要是膽汁，并且具有激活脂肪消化酶的作用)和脂肪消化產物(甘油二酯和甘油一酯)。
經過分散的脂肪，主要在小腸內發生消化作用，由來源于胰液和小腸液的脂肪酶或脂酶催化，生成甘油二酯、甘油一酯、甘油以及游離的脂肪酸等。脂肪消化后的主要成分為甘油、脂肪酸以及甘油一酯。它們將主要在膽汁酸等成分的幫助下，形成大約由1000—100000個分子構成的聚集體，也就是所謂的脂肪微團。這利，微團在被吸收前，將保證整個消化產物在水環境中的穩定存在。
二、脂肪的吸收與重新酯化
脂肪消化產物的吸收過程，尚不太清楚。當脂肪的消化產物脂肪酸和甘油一酯從微團中釋放出來時，在小腸粘膜細胞中，它們可以重新使甘油一酯酯化。這種小腸內甘油三酯的重新生成，主要通過所謂的甘油一酯途徑進行。
三、脂肪的中間代謝
脂肪消化時，生成的甘油、脂肪酸和甘油一酯將進入中間代謝過程。其中甘油一酯和部分脂肪酸還未經轉運，即在小腸粘膜細胞內重新發生酯化，生成了脂肪。被吸收轉運的甘油和脂肪酸成分，則在機體肝臟部位、脂肪組織和肌肉中發生代謝。一般情況下，脂肪組織和肝臟是主要的脂肪合成代謝場所，而肌肉、心肌和骨骼肌則是主要的分解代謝部位。
l、甘油的代謝
甘油通過二步反應后，首先轉變為磷酸二羥基丙酮，然后再直接進入糖酵解等中間代謝過程。
2、脂肪酸的分解
脂肪酸發生分解之前，先經過活化，然后再循不同的途徑進一步進行代謝。
最重要的獲取能量方式，是在肝臟或其他組織的線粒體中所發生的脂肪酸β－氧化作用。一般，脂肪酸會轉變為乙酰輔酶A，進入到三羧酸循環中，最終生成二氧化碳和水。全部分解過程的完成，會提供很多的能量。
3、脂肪酸與脂肪的合成
在肝肌、脂肪組織和乳腺部位，機體可以利用乙酰輔酶A來合成脂肪酸，然后通過直接的氧化機制，經相應的飽和脂肪酸制得不飽和脂肪酸。從目前已知的結果來看，這是一個與氧化分解不同的復雜的過程。脂肪的合成主要發生于肝臟、脂肪組織和小腸粘膜細胞。其中，肝臟和脂肪組織利用甘油磷酸途徑合成脂肪，而小腸粘膜細胞的重新酯化反應則采用甘油一酯途徑(也稱甘油單酯途徑)。
4、脂肪的動用
在正常情況下，脂肪的分解代謝與合成代謝都同時進行，凈結果往往不存在機體脂肪組織的動用。但是，當能量攝取不足時，機體將產生動用脂肪組織細胞中的甘油三酯的凈結果。在脂肪的動用過程中，限速步驟是水解甘油三酯的特異性酶。饑餓時，這種酶的活性增加，以大大高于正常情況下的速度，水解產生游離的脂肪酸和甘油，并將它們從脂肪組織擴散進入血液。游離脂肪酸還可以和血清蛋白形成復合物，被運送到其他組織中，，最終為肌肉組織和肝臟獲取和代謝，成為饑餓時機體的重要能量來源。同時，脂肪的動用，即機體脂肪組織在饑餓時或能量不足時的凈動用結果，也是饑餓法減肥的基本依據。