由于磷肥都有后效，且施于水田或旱地的磷的后效不同，因此要做好水旱輪作中磷肥的分配。
　　
　　在水旱輪作中，土壤經歷著由干變濕和由濕變干的過程，水田土壤在由于變濕的過程中，漬水條件下ph的改變，水分增加，可使有效磷的含量增加；而在土壤由濕變干且冬季氣溫較低時其有效磷的含量常常降低，這就使得施在旱作上的磷肥對后作水稻有較大的后效，而施在水稻上的磷肥對后茬旱作的貢獻較小。因此，在南方水旱輪作地區，尤其是土壤中的磷以磷酸鐵鹽的形式為主的條件下，施磷的重點放在旱作上，而以少量磷肥蘸秧根，以滿足水稻苗期的需要，這樣可提高磷的效果，能充分發揮增產作用。