以鞭毛為運動胞器的原生動物。如眼蟲、夜光蟲、錐蟲、利什曼原蟲等。

多數種類表膜堅韌，能維持一定體形。以鞭毛運動，鞭毛一到多根，一般自體前端發出。

營養方式有3種：

①自養性營養(或稱植物性營養)，即體內有色素體，能行光合作用自己制造養料，如衣滴蟲；

②腐生性營養，體內無色素體，借體表滲透作用攝取周圍環境中呈溶解狀態的有機物，如錐蟲；

③動物性營養，以胞口等攝取或吞噬外界固體食物，如變形蟲、草履蟲等。另外，如綠眼蟲等，尚有混合性營養方式，即在有光條件下，可行光合作用，自制養料；在無光條件下則進行腐生性營養。無性生殖的一般為縱二分裂，也有出芽生殖的；有性生殖則為同配或異配生殖。分布極廣，自由生活于淡水、海洋和潮濕的土壤中，少數營寄生生活，有些是人畜的病原體，如錐蟲、利什曼原蟲、毛滴蟲等。

約有2000余種，分2亞綱。

植鞭亞綱(Phytomastigina)、通常有色素體，能行光合作用。大都營自由生活，有些種類在水系食物鏈中起著重要作用。如衣滴蟲(Chlanydomonas)、盤藻(Gonium)等，蛋白質含量豐富(占干物質的36-40%)，成為浮游生物的組成部分，是甲殼類和魚類的自然餌料。其它如夜光蟲(Noctiluca)、溝腰鞭蟲(Gonyaulax)、裸甲腰鞭蟲(Gymnodinium)等大量繁殖時，可引起海水的赤潮現象，能毒死大量魚類和甲殼動物；有的毒素還可儲存在甲殼動物體內，人和其他動物誤食后可引起中毒。淡水生長的鐘罩蟲(Dinobryon)、合尾滴蟲(Synura)等可污染水源，使水質變臭、變腥。但綠眼蟲(Englena viridis)等則可被利用作為有機物污染環境的指示生物。

動鞭亞綱(Zoomastigina)體內無色素體存在，體表也無堅韌的表膜。自由生活或寄生，而且有不少寄生的種類為害人類和經濟動物。

錐蟲(Trypanosoma)，屬動體目(Kinetoplastina)。約400余種，多數寄生在脊椎動物的血液或組織液中。如流行于非洲的岡比錐蟲(T.gambiense)，寄生于人的脊髓液中，引起睡眠病；伊氏錐蟲(T.evansi)，寄生于牛馬的血液中引起蘇拉病，主要流行于南方各省；馬媾疫錐蟲(T.equiperdum)，由馬媾時相互感染，被寄生的馬、驢生殖器官常有水腫或潰爛，除中國西北地區流行外，亦見于世界各地。

利什曼原蟲(Leishmania)，細胞內寄生，生活史中有無脊椎動物和脊椎動物2個宿主。寄生人體的有3種，中國僅有杜氏利什曼原蟲(L.donovani)一種，借吸血昆蟲中華白蛉(Phlebotomus chinensis)傳播釀致黑熱病。

寄生魚類的鞭毛蟲，常見的有兩種：

①漂游口絲蟲(Costia necatrix)：體呈梨形；有鞭毛4條，兩長兩短；寄生于淡水魚的鰓及皮膚，對魚苗、幼魚危害最大。

②鰓隱鞭毛蟲(Cryptobia brachialis)；體呈柳葉狀；有鞭毛二條，一條游離，另一條自前向后，以波動膜與體表相連；寄生于鯇等的鰓瓣，妨礙呼吸，致使魚類死亡。