流水主要指陸地上的江河與溪流等。河流的上游多湍流于山區，比降大，流速急，曝氣充分，水中溶氧量高，河床多以石礫墊底，水流清澈。在這樣的水域環境里，第一性生產者以固著性藻類為主，如剛毛藻、絲藻和大量硅藻。消費者以水生蚊蟲、蜻蜓、蜉蝣和小型魚類為主，有些動物具有吸盤附著于水流急速的巖石表面上。生物生產力約1—3克/米2·天。上游一般受污染少，有機物含量不高，河水清潔，多系貧養型水體。
中游河段水量大，比降小，水流平緩，水溫較高而含氧量低，河床寬展多為泥質或沙質底。第一性生產者除多為浮游性的綠藻、藍藻和某些硅藻外，在河汊與岸灘平廣的淺水處常有高等植物成片分布，還通過級級支流與渠道輸入較多的有機碎屑，所有這些都使下游河段中有機質含量多，食物豐富。消費者中有浮游動物甲殼類和底棲穴居的水蚯蚓、蚊類幼蟲等，有的地方還有螺、蚌等軟體動物。自游生物以鯉、鯰、鯽等為常見。食物鏈（網）比上游復雜。生物生產力約為3—5克/米2·天。
下游地區一般人口密集、工農業比較發達，排入河流中的污水量大，水中含N、P等元素豐富，出現富養化現象。被有毒物質嚴重污染的河流，不僅可以改變水生生物的種群結構、有機體的生理、形態和繁殖，還通過破壞魚、蝦、蟹的產卵場和切斷其洄游路線，使水產資源減少，甚至影響人類健康。