從真核細胞核中分離出的一種蛋白質, 最早是Laskey等人于1978年在非洲爪蟾卵的浸出液中發現的。核質蛋白在細胞質中合成后就通過核定位信號運送到細胞核, 是一種豐富的核蛋白, 在核小體的裝配中起作用。核質蛋白的作用在于既能促進組蛋白與DNA的相互作用形成核小體, 又能避免DNA與組蛋白間因強靜電吸引而形成非特異結合的不溶性聚合物, 但它本身并不參與核小體的組成。

核質蛋白具有頭尾兩個不同的結構域, 由5個 單體組成, 分子量為165kDa, 是耐熱性可溶蛋白。尾部具有核定位信號, 體外實驗證明只要有一個尾部結構, 就可將全部的頭部帶入細胞核。