一、 材料
　　基因組DNA(大于50kb,分別來自不同的材料)。
　　二、設備
　　電泳儀及電泳槽， 照相用塑料盆5只，玻璃或塑料板(比膠塊略大) 4塊，吸水紙若干，尼龍膜(依膠大小而定)，濾紙 ，eppendorf管(0.5ml)若干。
　　三、試劑：
　　1、限制性內切酶(BamHⅠ, EcoRⅠ, HindⅢ, XbaⅠ)及10×酶切緩沖液。
　　2、5×TBE電泳緩沖液：配方見第一章。
　　3、變性液：0.5mol/L NaOH，1.5mol/L NaCl 。
　　4、中和液：1mol/LTris·Cl, pH7.5/1.5mol/L NaCl 。
　　5、10×SSC：配方見第九章。
　　6、其它試劑：0.4mol/L NaOH，0.2mol/L Tris·Cl, pH7.5/2×SSC ，ddH2O，Agarose 0.8%， 0.25mol/L HCl 。
　　四. 操作步驟
　　1. 基因組DNA的酶解
　　(1) 大片斷DNA的提取詳見基因組DNA提取實驗,要求提取的DNA分子量大于50kb, 沒有降解。
　　(2) 在50μl反應體系中,進行酶切反應:
　　　　5μg基因組DNA
　　　　5μl 10×酶切緩沖液
　　　　20單位（U）限制酶(任意一種)
　　　　加ddH2 O, 至50μl
　　(3) 輕微振蕩, 離心,37℃反應過夜。
　　(4) 取5μl反應液,0.8％瓊脂糖電泳觀察酶切是否徹底，這時不應有大于30kb的明顯亮帶出現。
　　[注意] 未酶切的DNA要防止發生降解, 酶切反應一定要徹底。
　　2. Southern轉移
　　（1） 酶解的DNA經0.8％瓊脂糖凝膠電泳(可18V過夜)后EB染色觀察。 　　
　　（2） 將凝膠塊浸沒于0.25mol/L HCl中脫嘌呤, 10分鐘。 　　
　　（3） 取出膠塊, 蒸餾水漂洗, 轉至變性液變性45分鐘。經蒸餾水漂洗后轉至中和液中和30分鐘。
　　（4） 預先將尼龍膜,濾紙浸入水中,再浸入10×SSC中,將一玻璃板架于盆中鋪一層濾紙(橋)然后將膠塊反轉放置,蓋上尼龍膜,上覆二層濾紙,再加蓋吸水紙,壓上半公斤重物, 以10×SSC鹽溶液吸印,維持18-24小時。也可用電轉移或真空轉移。
　　（5） 取下尼龍膜, 0.4mol/L NaOH 30秒, 迅速轉至0.2mol/L Tris·Cl,pH7.5/2×SSC,溶液中, 5分鐘。
　　（6） 將膜夾于2層濾紙內, 80℃真空干燥2小時。
　　（7） 探針的制備和雜交見第九章分子雜交部分。
　　[注意] 1、 步驟（2）中脫嘌呤時間不能過長。
　　　　　　2、 除步驟（1）、（4）、（5）外, 其余均在搖床上進行操作。
　　　　　　3、步驟（4）中,當尼龍膜覆于膠上時, 絕對防止膠與膜之間有氣泡發生, 加蓋濾時也不應有氣泡發生。
　　　　　　4、有時用一種限制性內切酶不能發現RFLP的差異，這時應該試用另一種酶。