反向PCR在研究轉座因子、反轉錄病及其他 能與基因組DNA整合或易位的DNA序列中有許多重要應用。這些應用包括序列的易位、 轉座和基因融合，其中之一是已知序列，例如癌基因或免疫系統的基因組成。在所有 這些情況中，如已知序列插入未知序列或與未知序列并列，反向PCR可用于測定未知 邊側序列。反向PCR的主要優點是簡單快速，可以研究許多獨立克隆。其某些應用適 合于臨床診斷。
　　反向PCR的局限之一是由未知邊側序列性質引起的，需用幾種酶試驗以選擇產生 大小合適的片段的內切酶。另一局限是許多常用內切酶也在不適當位點裂解載體序 列。但一旦確定合適的內切酶，反向PCR方法是直接了當和可靠的。
　大多數真核基因組含大量中度或高度重復序列，YAC或科斯粒中未知接點序列有時也 包括這些序列。通過反向PCR擴增得到的探針可與許多基因組序列雜交，但它們在用 于染色體的步查或跳查方面會受到限制，在這種情況下，需要進行亞克隆。