目前為止較為常用的5種制備siRNAs的方法包括:
1.化學合成
2.體外轉錄
3.長片斷dsRNAs經RNase III 類降解
4.siRNA表達載體或者病毒載體在細胞中表達siRNAs
5.PCR制備的siRNA表達框在細胞中表達
前三種方法經過體外制備siRNAs然后應用專門的RNA轉染試劑將siRNAs轉到細胞內轉染或者電轉染導入哺乳動物細胞；后兩種方法則這兩種方法的優點在于不需要直接操作RNA，依賴能夠表達siRNAs的DNA載體或者基于PCR的表達框架轉染到細胞中，通過轉染到細胞的DNA模板在體內的轉錄得到siRNAs。每種方法都有自己的優點和缺點。哪種是最好的方法，其實取決于實驗目的。
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比較項目 |
體外制備siRNA |
體內表達siRNA |
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化學合成 |
體外轉錄 |
RNase III降解dsRNA |
SiRNA 表達載體 |
PCR 表達框 |
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設計和篩選最有效siRNA序列 |
需要 |
不需要 |
需要 |
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材料需求 |
21ntsiRNA |
29nt siDNA |
轉錄模版 (200-1000bp) |
45-50nt dsDNA |
~50nt dsDNA |
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制備規模 |
大量 |
受限 |
大量 |
受限 |
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合成/制備 轉染 所需時間 |
4天-2周 |
dsDNA合成時間 1天 |
轉錄模版制備時間 1天 |
dsDNA合成時間 5天以上 |
dsDNA合成時間 6小時 |
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個人所需操作時間 |
幾乎沒有 （只需定購） |
中等 |
長 |
中等 |
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標記siRNA 進行細胞定位 |
能 |
不能 |
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轉染的難易程度 |
專門的RNA轉染試劑或者電轉染 |
DNA轉染，不直接操作RNA |
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檢測總體轉染效率 |
不能 |
能 |
不能 |
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抑制時效（即穩定性） |
短暫 |
長期 |
短暫 |
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制備費用 |
高 |
相對較低 |
低 |
中等 |
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