彩色PCR（Color complement assay）直譯為“著色互補性檢測”，是LP-PCR的一種，彩色PCR意譯更為明確：它用熒光染料標記引物的5’端。熒光染料JOE和FAM呈綠色熒光；TAMRA呈紅色熒光；COUM呈藍色熒光。不同熒光標記的引物同時參加反應，擴增后的目的基因會分別帶有引物5’端的染料，通過電泳或離心沉淀，肉眼就可以根據不同熒光的色澤判斷目標基因是否存在及擴增基因的類型。通常僅需2種不同顏色的引物，一種作為基因檢測引物；另一種作為控制條件的內對照，即可診斷基因缺失、染色體易位或感染某種病毒。檢測多種點突變時，可用更多的色彩，如多點突變的遺傳病、幾種可疑病毒感染、HLA位點分析都可以用彩色PCR同時檢測多個位點。