原位PCR就是在組織細胞里進行PCR反應，它結合了具有細胞定位能力的原位雜交和高度特異敏感的PCR技術的優點，是細胞學科研與臨床診斷領域里的一項有較大潛力的新技術.
　　原位PCR是Hasse等于1990年建立的，實驗用的標本是新鮮組織、石蠟包埋組織、脫落細胞、血細胞等.其基本方法為①固定組織或細胞:將組織細胞固定于預先用四氟乙烯包被的玻片上，并用多聚甲醛處理，再滅活除去細胞內源性過氧化物酶.②蛋白酶K消化處理:用60ug/ml的蛋白酶K將固定好的組織細胞片55℃消化處理2h后，96℃2min以滅活蛋白酶K.③PCR擴增:在組織細胞片上，加PCR反應液，覆蓋并加液體石蠟后，直接放在擴增儀的金屬板上，進行PCR循環擴增.有的基因擴增儀帶有專門用于原位PCR的裝置.④雜交:PCR擴增結束后，用標記的寡核苷酸探針進行原位雜交.⑤顯微鏡觀察結果.
　　原位PCR既能分辯鑒定帶有靶序列的細胞，又能標出靶序列在細胞內的位置，于分子和細胞水平上研究疾病的發病機理和臨床過程及病理的轉歸有重大的實用價值.其特異性和敏感性高于一般的PCR.