RefSeq NM_xxxxxx和GenBank Afxxxxxx看起來是重復的，但RefSeq和GenBank是分開的數據庫，而且兩者都是可以通過在Entrez nucleotide中輸入各自的ACCESSION獲得。開始時臨時的RefSeq記錄與GenBank記錄非常相似。但是，當RefSeq記錄被專家review以后，新增的序列數據、生物學注解、和參考文獻常被加入。那時，RefSeq條目（即序列）代表一個來自不同實驗室的綜合信息，這時二者可以非常不同。
GenBank是一個多種序列的存儲池，對每個基因都含有許多序列。而RefSeq數據庫被設計成每個人類位點挑出一個代表序列來減少重復，是NCBI提供的校正的序列數據和相關的信息。數據庫包括構建的基因組contig、mRNA、蛋白和整個染色體。
RefSeq記錄是有三種可以獲得的狀態：預測的，臨時的和檢查過的（reviewd）。檢查過的記錄代表了目前關于一個基因和它的轉錄子的知識的匯編。它們很多都來自于GenBank記錄、人類基因組命名委員會、和OMIM。RefSeq標準為人類基因組的功能注解提供一個基礎。
RefSeq記錄通過以下步驟創建：
1、確定代表不同基因的序列
2、建立正確的基因名字到登錄號的聯系
3、確定完整范圍的可以獲得的序列數據
4、創建一個新的處于三種狀態之一的參考序列(RefSeq)記錄
為什么RefSeq記錄中的基因符號（symbol）有時和相關的GenBank中的不一樣？RefSeq全部使用官方基因符號。而GenBank是一個公共的序列備份庫，由數據發現者提供。有的作者會向相關的物種命名委員會取得官方基因符號，但有的作者沒有，所以有時會產生別名。GenBank與Pubmed相同，通過display可以選擇顯示格式，常用的有GenBank和FASTA兩種格式。如果要對基因序列作進一步分析，FASTA格式是很好的選擇。FASTA格式僅包括該序列的簡要特征，并以ATGC4種堿基列出核苷酸序列，簡單明了。而GenBank格式可顯示較完整的基因序列記錄，反映核苷酸序列的詳細信息。
