苦瓜主要病害有枯萎病、霜霉病等，主要蟲害有瓜實蠅、瓜蚜等。生產上，菜農應采用綜合方法防治苦瓜病蟲害。
一、枯萎病：應避免瓜類連作。在枯萎病重病田塊或歷史病區，建議在初花期淋施70％紅日WP400倍，畝用藥液200公斤，每株0.5公斤，每隔7天施一次藥，連續3次，可有效預防枯萎病的發生。
二、霜霉病：選排水性良好的田塊，施足基肥，增施磷鉀肥，及時摘除老葉，確保通風透光。霜霉病發病迅速，要及早控制發病中心，選用內吸性治療殺菌劑64％田亮WP500倍，每隔7天噴一次，連續噴2－3次。或者在該病發病前用50％用功懸浮劑500倍每隔7天噴施一次，連續噴2次，可有效預防該病害發生。
三、白粉病：當葉片上有白色粉狀物出現時，應用50％銹粉寧懸浮劑500－600倍液或50％用功懸浮劑500倍液、70％紅日可濕性粉劑1000倍進行噴霧，每隔7天噴藥一次進行防治，連續噴施2－3次。
四、瓜蚜：2.5％萬里旺1號(或2號)1000倍液、10％薪生可濕性粉劑4000倍、3％啶蟲脒乳油2000倍液、30％農爾旺乳油800倍液、4.5％綠福乳油1000倍液、24％萬靈水劑1000倍液進行噴霧。
五、瓜絹螟：4.5％綠福乳油1000倍液、30％茚蟲威水分散粒劑(安美)5000－7500倍液，或24％萬靈水劑800倍液。