秋季盆栽菊花病蟲害較多。發生較重的病害主要為：葉斑病、黑銹病、褐斑病、白粉病和蚜蟲、紅蜘蛛、白粉虱等。

葉斑病可于發病初期用1%波爾多液或50%代森鋅粉劑加1200倍水噴治，每周一次，噴3次即可。

黑銹病發病初期可用50%托布津粉劑加1000倍水（或50%多菌靈加800倍水）噴灑，每周一次，連用3次即可。

菊花發生白粉病時，受害葉面初生白色圓形粉狀斑，逐漸擴大后連成一片。發病初期可用50%退菌特1000倍液噴灑，或用0.3～0.5度石灰硫磺合劑噴灑，效果都較好。

蚜蟲危害嚴重，可用2000倍的2040%的菊殺乳油噴灑防治。