農藥、化肥品種繁多，性質各異。農藥有粉劑、液劑的，而化肥又有揮發易爆炸的特點。所以一旦將兩者放在一個倉庫內，隨著溫度的變化，就會引起化學作用，輕則肥藥失效，重則引起爆炸或中毒。當今農村，許多農民朋友把農藥化肥買回來，一般都存放在一間屋子里，這是不科學的。化肥與農藥混存會產生許多不良后果。
　　
　　一、容易使農藥分解失效。農藥大多數呈中性或酸性，遇堿會發生化學反應。而當前使用數量比較大的碳酸氫銨則為堿性肥料，這種肥料在貯存時易揮發出氨氣，再與潮濕的空氣結合形成堿性物質，致使農藥分解失效或破壞理化性狀，造成結團結塊，降低農藥藥效。
　　
　　二、容易引起爆炸或燃燒事故。硝酸銨也是農村常用的化肥品種之一，它在日光暴曬、撞擊或高溫下會發熱，自燃爆炸。一旦遇到易燃物以及農藥如樂果等也會發生燃燒現象。如果化肥和農藥堆放量多時，效果將更嚴重。
　　
　　三、腐蝕農藥包裝。如過磷酸鈣等酸性肥料在儲存時，會揮發出游離酸，使室內潮濕空氣呈現出酸性狀態，造成農藥的包裝腐蝕霉爛，導致搬運困難，施用不便，且增加中毒機會。
　　
　　另外，因有些化肥和農藥品種的外形很相似，若將兩者放在一塊，在施用時很容易拿錯而引起人畜中毒事故的發生。
　　
　　因此，農藥與化肥不能放在一起，也不能和石灰、燒堿、煤油、汽油等同室而藏，為防意外事故發生和保持農藥化肥作用，務必分開存放，做到包裝保持完好，無標簽的貼上標簽，專人保管。