蘋果貯藏時，常見生理病害主要是蘋果苦痘病、虎皮病、果肉褐變病、二氧化碳中毒和缺氧傷害四種。

（一）蘋果苦痘病

主要是果實含鈣量較低及氮鈣比較高引起，也與成熟期氣溫高干旱、水分失調、修剪過重貯期溫度過高有關。發病初期果皮下果肉發生褐變，果面出現色稍暗凹陷圓斑，綠色品種圓斑呈深綠色，紅色品種圓斑呈紫紅色。斑下果肉壞死干縮，深達果肉內數毫米至1厘米，味微苦。此后病斑顯著凹陷，變為深褐色至黑褐色。病斑發生部位靠近果頂，貯藏初期1～2個月間發病最重。可通過生長后期控制施氮量，果樹開花后4～5周噴兩次0.75%氯化鈣液，采后2～6%氯化鈣液浸果等措施來減輕病害危害。

（二）蘋果虎皮病

發生與果實采收過早、著色成熟度差、氮肥施用偏多有關，由環境溫度過高，貯藏后期果實衰老而誘發。多在果實貯藏后期出現，發生在果實陰面綠色部分，初為淡黃色不規則斑塊，后轉為褐色至暗褐色，稍凹陷，病皮可輕輕揭下，嚴重時果肉發綿，略帶酒味。通過適時采收，合理施肥、科學修剪，促進著色，用0.25%～0.35%乙氧基喹液在25℃下浸果或用0.2%～0.4%虎皮靈浸果，藥紙包果，防止病害發生。

（三）果肉褐變病

多是果實采收偏晚、成熟過度，貯藏環境高溫高濕，限氣貯藏氧的濃度過高所致。通過適時采收，控制好貯藏環境溫濕度，防止果面結露，2%～4%氯化鈣液浸果等手段加以預防。

（四）二氧化碳中毒和缺氧傷害

二氧化碳中毒由高濃度二氧化碳抑制蘋果線粒體內琥珀酸過氧化物酶系統所導致。缺氧傷害則是貯藏環境中氧濃度偏低而果實長時間缺氧呼吸中毒引起。二氧化碳中毒有果實外部傷害和內部傷害兩種。外部傷害發生在貯藏前期，病變組織界限分明，呈黃褐色，下陷起皺；內部傷害果肉果心局部組織出現褐色小斑塊，最后病變部分果肉失水成干褐色空腔，食之有苦味，整果風味變淡，伴有輕微發酵味，二者相同處是受害果硬度不減。缺氧傷害果皮木栓化，果肉至果心組織壞死，并有濃烈的發酵味。通過嚴密監測貯藏環境氣體組分變化，控制氣體指標，受害果乙醇含量在120毫克/100克以下，置于10～18℃通風環境，可恢復果實原狀。