金針菇叢枝病屬生理性病害，受害菌袋或菌瓶進入子實體形成階段時，只長菌柄不形成菌蓋。具體表現為：菌柄伸長到一定長度時頂端產生分枝，之后分枝又產生小分枝，小分枝越長越細弱并下垂；其菌蓋停滯在原基發育時的幼小形態，直徑僅為1～2毫米；整叢菇體呈胡須狀，子實體生長受到嚴重抑制，幾乎沒有產量。

誘發金針菇叢枝病的原因，主要是菇場通風不良，二氧化碳濃度過高，濕度過大，加上缺乏弱光刺激，抑制了菌蓋的生長，因而該病多見于空氣不易流通的防空洞、地道等種植場所。

預防金針菇叢枝病，出菇場所要具備良好的通風條件。瓶栽金針菇在子實體原基形成后，要進行3～5天的幼菇成形培養，然后才能套袋長菇，套袋后每天要上下提動袋子換氣1～2次。袋栽金針菇在子實體生長前期要加強通風，可掀開覆蓋物，促進菌蓋分化和菌柄增粗，待菌蓋發育正常后再實行商品菇的管理方法。發現菇蕾生長不正常、菌柄頂端產生分叉并下垂時，及時清除病菇，并創造有利于子實體形成的環境條件，仍能轉入正常生長。