在雙孢蘑菇栽培中有時會發生褐斑病，導致雙孢蘑菇的質量和產量降低。

    雙孢蘑菇褐斑是由托蘭斯假單孢桿菌引起的，因此又稱作雙孢蘑菇細菌性褐斑病。該病原菌存在于雙孢蘑菇的覆土材料中，其含量極少。用常規方法很難檢測出來，但它卻能使雙孢蘑菇嚴重感染病，進而降低經濟效益。

    該病目前防治存在著困難，其一是有些殺菌劑對病原菌無殺傷能力；其二是有些殺菌劑對雙孢蘑菇菌絲有毒性。經研究者們篩選發現拌棉醇能有效地防治此病。它對病原菌殺傷力強，作用穩定，且對雙孢蘑菇菌絲尚未見毒性表現。另外該病還可采用其他藥劑防治，如菇床上一旦出現病菇要及時清除，集中處理，然后噴灑1：500倍50％的多菌靈或代森鋅。除了化學藥劑防治外，還可采用生物防治，即利用雙孢蘑菇病原菌的拮抗菌來抑制該病發生。目前以篩選分離出與原病體近緣的拮抗菌——熒光假單孢桿菌制劑，這就為該病的防治開辟了新的途徑。除了上述防治措施外，還應從加強栽培管理入手，嚴格掌握好出菇環境條件，避免菌蓋積水和土面過濕；同時降低出菇的空氣相對濕度，這樣也能收到較好的效果。