棉花種子處理是預防苗期病害，防止出現高腳苗，實現棉花“一播全苗”的關鍵技術之一。由于現有種子加工技術只能實現硫酸脫絨及精選處理，而包衣技術跟不上，農民自己進行種子處理時常由于操作技術不當（如藥劑種類及用量）而發生藥害，影響出苗或達不到種子處理預期效果，因而掌握種子處理技術顯得十分重要。在種子處理過程中，應注意以下問題。
　　做好種子處理前的準備工作種子經過脫絨處理后，要精選曬種。精選主要是剔除病籽、癟籽、破籽、小籽。曬種可加速種子后熟，晴天曬種2天～3天。不可在水泥地上暴曬，以防傷及種子的生理活性。
　　藥劑種類的選擇用敵克松預防苗期病害，慎用多菌靈。衛福成本較高，不提倡使用。一般地膜栽培降雨少或條播，可用敵克松、多菌靈；在點播、雨水多的情況下，用敵克松或衛福，如無敵克松或衛福，多菌靈應減少用量，甚至可以不用。預防苗期蟲害可拌3911或甲基硫環磷。預防高腳苗，宜用縮節胺。
　　劑量敵克松用量為種子用量的0．3％，多菌靈為2．5％，衛福為0．2％。3911或甲基硫環磷的用量不可隨意加大，否則易產生藥害，一般為種子用量的0．5％為宜。縮節胺的用量應考慮品種。苗期生長穩健的品種，縮節胺用量應少；而苗期長勢旺、易形成高腳苗的品種，縮節胺用量可適當加大；苗期生長穩健且對縮節胺敏感的品種可不拌。縮節胺一般用量不超過種子用量的0．04％。
　　拌種方法拌種時，一般先拌殺菌劑、縮節胺，再拌殺蟲劑。分幾次拌種操作比較麻煩，按如下辦法操作，可取得較好效果。按上述用量，按比例100公斤種子需500克3911，300克敵克松，20克～40克縮節胺的用量稱好。縮節胺先用少量水化開，噴霧器先加入5公斤水，再加入3911及溶解好的縮節胺混溶，邊噴霧、邊翻堆。第一次噴一半的藥液，稍晾后，噴灑剩余藥液。噴灑均勻后，將敵克松粉劑在種子潮濕時拌勻，悶種24小時后，攤開晾干。禁止在烈日下暴曬，否則敵克松見光分解，影響藥效。晾干后，裝袋以備播種。