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穗頸瘟是水稻后期的主要病害之一，對水稻產量的影響很大，嚴重時甚至造成絕收。六安市雙季晚稻穗頸瘟的發生規律與種植的品種、孕穗后期及抽穗期的降雨日及田間水肥管理等因素密切相關。種植的品種如果感病，若苗期如果葉瘟重，則后期穗頸瘟重發的可能性較大；孕穗后期及抽穗期雨日越多，越有利發病；田間斷水遲，濕度大，氮肥施入過多，則有利該病的發生發展。
水稻穗頸瘟在大田中一旦發現病株，且如果當地雨日較多，則控制的難度較大。對該病應提前預防，一旦感病，防治措施如下：
1、選用抗病品種。不同的水稻品種對穗頸瘟的抗性有明顯差異，如果大面積種植感病品種，將導致病害流行。
2、種子消毒處理。稻瘟病菌可在稻谷上越冬，因此種子消毒要徹底。可用1%石灰水浸種1-2天，石灰水層要高出種子15厘米左右，加蓋靜置，撈起后用清水洗2-3次。也可用2%福爾馬林浸種20-30分鐘，取出后用薄膜覆蓋悶種3小時。
3、加強水肥管理。適時放水烤田，中后期采取淺水勤灌、干干濕濕的水漿管理。實行氮、磷、鉀合理配方施肥，避免偏施、重施氮肥造成水稻貪青晚熟，加重穗頸瘟的發生。
4、防治方法。穗頸瘟流行時，可在始穗和齊穗期間，每畝各用20%三環唑可濕性粉劑100克或40%克瘟散或富士1號75-100克對水噴霧；在多雨霧地區，在晚稻灌漿期還要施藥1次。
