為害黃瓜的真菌病害有霜霉病、灰霉病、白粉病、枯萎病、蔓枯病、疫病、炭疽病、菌核病等。其他主要病害還有細菌性角斑病、病毒病等。其綜合防治措施是：

1、選用抗病品種（主要是抗白粉病、霜霉病、枯萎病）。

2、農業防治。與非瓜類蔬菜輪作2-3年（減少枯萎病、菌核病、蔓枯病傳染機會）；實行與南瓜嫁接栽培，不僅可防治枯萎病、疫病，而且提高抗寒性和生長勢；定植后多松土，開花前控制澆水，棚室栽培要控制好溫度和濕度。

3、藥劑防治。播種前徹底清理前茬病殘株及雜草，并用惡霉靈、病害敵或綠亨一號、綠亨二號等藥物進行土壤消毒。對霜霉病可用58%甲霜靈錳鋅800-1000倍液、25%甲霜靈600倍液或75%百菌清500-600倍液噴霧；對白粉病、灰霉病、疫病等莖葉病害，可在發病前或發病初期，用綠亨二號對水800-1000倍液、75%百菌清500-600倍液或多硫懸浮劑500-600倍液噴霧；對枯萎病、蔓枯病等根部病害，可用50%敵克松800-1000倍、惡霉靈3000倍、綠亨一號3000倍灌根，每株灌150-200 毫升；對細菌性角斑病可用氫氧化銅、綠亨7號、可殺得或冠菌銅等防治；對病毒病藥劑可選用綠亨6號、病毒A或消毒立逃等防治，每隔7-10天施藥1次。