棚室蔬菜生產時，由于空間限制，空氣流通量小，用藥不慎，極易發生農藥殘留，食用后影響人體健康。因此，在棚室蔬菜上施用農藥必須把好"三關"。

一、農藥品種關。棚室蔬菜發生病蟲害后，選擇農藥時較露地菜更為嚴格。應根據《國家無公害蔬菜生產技術標準》中的HACCP（危害分析與關鍵控制點），GMP（良好操作規范）要求選用。劇、高、中毒農藥和高殘留農藥，一律不得在棚室蔬菜上施用（如3911、1605等），只能用高效低毒、易分解、殘效期短的農藥，如抑太保、滅幼脲、丁醚脲、蘇云金桿菌（Bt）、菜喜、農夢特、米滿、醚菊脂、吡蟲啉、楝素、克螨特等農藥。最好用物理技術進行防治，如誘殺板（皿）、黑光燈等。

二、用藥適時、適量關。農藥使用時間和用量不適，既容易造成浪費，又污染農產品和生產環境。棚室內施用農藥時，應根據要求靈活選擇，如菜青蟲、小菜蛾低齡動期用Bt乳油500-1000倍液防治，蟲齡較大時，改用楝素（蔬菜凈）500-1000倍液防治，效果較好。菜農大劑量用藥的傳統習慣，往往造成用藥浪費和污染。同時還要說明的是，生物農藥不宜與化學農藥和殺菌劑混用，且一季棚室菜上同類藥最多用4-6次。

棚室溫度不同，使用農藥也應合理選擇。如Bt乳油在30℃以上施用，藥效最好；菜喜在棚室高溫下，極易對瓜類、萵苣苗等造成危害。

三、停藥時間關。棚室蔬菜上使用農藥，必須在收獲前7-10天停止施用。特別是有機磷類農藥和含重金屬類殺菌劑，更應嚴格掌握，否則造成蔬菜污染。