草菇栽培前要對菌種質量進行鑒定，盡量選用優質菌種。優質菌種外觀表現為：菌絲粗壯、上下菌絲發育一致、氣生菌絲呈白色或半透明狀。具體鑒定方法為：

一、用來栽培的菌種，菌齡在30天左右，菌絲粗壯濃白，菌絲上有淺褐色的厚垣孢子，拔掉棉塞后能聞到草菇的香味。這種菌種屬優質菌種，播種后吃料快，長勢旺。如果厚垣孢子很少，說明菌絲尚幼嫩，可讓其繼續生長一周再用。

二、菌種菌齡超過40天后，氣生菌絲過度密集，開始出現菌被，表面呈現淡黃色。厚垣孢子濃密，呈現紅褐色，菌絲活力有變弱趨勢。這種菌種屬中老齡菌種，不可再繼續貯藏，要立即使用，否則會影響產量。

三、如果培養基內的菌絲逐漸變得稀疏，且表面菌被變黃，厚垣孢子布滿料面，菌齡超過50天，菌絲開始萎縮，屬老齡菌種，其生活力明顯下降，不宜再作為菌種使用。

四、凡是菌種或棉塞上發現有黃、綠、黑色斑點的，說明菌種已被雜菌污染。此類菌種屬劣質菌種，絕對不能使用。