檢查母種是每一個食用菌母種制作人員必須的工序之一，從菌種萌發開始每隔48小時就應檢查一次。檢查母種必須具備的前提是必須對該品種的特征特性有明確的了解，主要關注點是生長的適宜溫度、正常的長速和長相、適宜的培養基。并且使菌種處于標準環境條件下。這是因為任何品種的母種特性特征的所有數據都是在其一定條件下和最適條件下取得的。比如培養基不同，溫度的不同，菌種的長相和長速就有著顯著的差異。以平菇為例，使用普通綜合PDA培養基時，多數品種菌落潔白舒展，一周即可長滿斜面，但用加富培養基（楊樹皮浸出液）則氣生菌絲十分旺盛，菌落大大加厚，長速比普通綜合PDA培養基快24小時。在檢查母種時，一定要光線充足，霉菌還好說很容易觀察，關鍵是細菌，很小的一個乳白點（類似于鼻涕）稍不注意就被菌絲生長掩蓋，光線不足時，很難檢出。另外特別注意棉塞別潮濕，有時在試管里面棉塞處容易出現霉菌菌落，需細心觀察，稍不注意就容易造成生產中的隱患。

不論母種的生產量有多大，培養期的每次檢查都要逐一進行，不能只看大概。任何種類，任何品種，一旦忽視檢查，雜菌被食用菌菌絲掩蓋，都無從鑒別。

對那些菌種萌發不正常，生長過慢，生長不整齊，雜菌污染的母種應查明原因，及早淘汰。