1、室內發菌：接種后的金針菇菌袋，宜放置于20℃恒溫的的培養室發菌培育，約經25～30天，菌絲可長滿袋。

    2、搔菌催蕾：菌絲滿袋后，室內發菌培養階段已告結束，就要及時將菌袋搬到栽培室進行栽培管理，先將棉花塞和套環去掉，把塑料袋拉直成原來的圓筒狀，然后進行搔菌處理，就是將培養料表面的菌種塊老菌絲扒掉，并輕輕地在表面搔菌，這樣讓新菌絲露出來接觸新鮮空氣后，更快促進菇蕾整齊發生。搔菌后，袋口要用報紙或紗布覆蓋，然后少量噴水，保持濕潤即可，用紗市覆蓋，可將整塊布放于清水中浸濕稍擰干后拉平覆蓋保濕。

    3、現蕾出菇后的管理：現蕾之后，要增加通風量降低室溫，金針菇發生的適宜溫度為10～18℃，以5～8℃長的菇質量為好，所以室溫不宜超過20℃，4℃以下又很難現蕾。這一階段的空氣相對濕度應掌握在90%左右，噴水于報紙之上或地面四周空間噴霧，不可直接噴水于菇面上，切忌高溫高濕，報紙或紗布等覆蓋物應經常翻動，增加通風量，促進子實體生長。袋式栽培金針菇一般以棉籽殼為培養基的可收3～4批菇，從搔菌催蕾至第一批菇發生約需1個星期左右，從菇蕾期到采收約2個星期左右。第一批采收結束至第二批菇蕾出現約需8~10天，第二批現蕾至采收約10～12天，第二批至第三批間隔8天左右，出菇至采收也為8天左右，整個栽培周期約需3個月，每袋裝干料500克可產鮮菇400～500克。木屑、甘蔗等培養基栽培周期為2個月左右，采收2～3批，每袋裝干料350～450克，產菇250～350克，產量主要集中于第一批，可占總產量的65%左右。