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根據果園地理位置套栽：干旱地區果園只適合套栽耐旱藥材，如柴胡、黃芬、黃芪、知母等；水澆地區可選擇套栽較喜濕潤、不耐寒的藥材，如元胡、附子、北沙參等；山區則應選擇套種喜濕、怕熱的黃連、黨參、麥冬、三七、西洋參等。
根據果樹的物候套栽：棗樹、柿樹等發芽較遲的果樹，可套栽喜光但有夏眠習性的藥材，如貝母、元胡等；對桃、杏、櫻桃、枇杷等果熟期在最熱月份到來之前就已結束的果園，可套栽喜熱怕踐踏的菌類藥材，如茯苓等，還可利用此階段樹冠的保濕、遮蔭作用掛袋生產木耳和銀耳。
根據樹齡套栽：幼樹果樹因尚未封行，可在行間栽培1～3年收獲的喜光藥材，如地黃、遠志、黃芩、菊花、黃芪、牛膝、板藍根、草決明、白術、柴胡等。老齡果樹園則應選擇喜陰或耐陰的藥材套種。
根據樹冠情況套栽：樹冠及樹葉較稠密的果樹，如桃、櫻桃、杏、葡萄、柿子等，可套栽半夏、天麻、靈芝、黃連等喜陰濕環境的藥材；樹冠較稀疏的果樹，如蘋果、梨、山碴等則可套栽丹參、百合、天門冬等稍耐陰濕的藥材。
