漚根和僵苗問題是西瓜苗期易出現的兩種生理病害。瓜苗發生漚根后，根部不發新根或不定根，根皮發銹后腐爛，造成地上部萎蔫，葉緣枯焦。一般持續過低的地溫加上澆水過量或遇陰雨天氣，苗床溫度過低，就易發生漚根；僵苗則表現為幼苗生長量小，展葉慢，葉片灰綠增厚，子葉和真葉變黃，根發黃。瓜農要想防治生理性病害，就要控制好育苗環境，一是育苗的床土要選用新土，配制營養土的肥料要充分發酵腐熟；二是育苗的溫度最好控制在28℃～30℃，夜間不低于18℃；三是苗床白天應加強通風換氣，夜間做好保溫。尤其在低溫陰雨，光照不足時，更要把握好溫度，保證育苗的晝夜溫差在5℃～8℃之間；四是苗期水分管理應根據苗床濕度和天氣而定，嚴防大水漫灌。

苗期非生理病害，猝倒病、立枯病和果斑病發生的幾率相對較高。西瓜幼苗根莖部有水浸狀病斑，之后病部逐漸變成黃褐色干枯收縮，往往子葉尚未凋萎，幼苗即突然倒地的現象，就是典型的猝倒病。立枯病多在床溫較高時或育苗后期發生，主要危害幼苗莖基部或地下根部。瓜苗患病初期在莖基部出現橢圓形暗褐色病斑，逐漸向里凹陷，擴展后繞莖一周，致莖部萎縮干枯后瓜苗死亡。防治這兩種病害應要做好苗床和營養土的藥劑處理，一般每平方米苗床用40%多菌靈或50%福美雙可濕性粉劑15～20克，與苗床土混勻。如苗床內已發現病苗，應及時拔除，并在苗床上撒干草木灰，立即噴藥防止蔓延。