越冬是稚甲魚培育中的一個關鍵階段。因為稚甲魚生長期短，個體小，一般僅5克~10克重，在越冬期體能消耗多，死亡率高。因此，要加強越冬管理。

    在秋后停食前，適當投喂脂肪含量較高的飼料，促使甲魚體內脂肪積累，為冬眠作好物質準備。稚甲魚一般在11月水溫降到16℃時，就開始停食，此時要及時做好越冬準備工作。越冬池可利用水位較深的室外成甲魚池，若利用室內稚甲魚培育池越冬更安全。可先將室內池水排干，捉出池中稚甲魚，然后加入30厘米~40厘米厚的泥沙層，并注水至5厘米~10厘米深。再將稚甲魚（包括室外培育池和網箱中的稚甲魚）放入池中，放養密度為每平方米100只~250只。當水溫降到12℃以下時，稚甲魚就往泥中鉆。如果水溫太低，可逐步加些溫水，增強稚甲魚的活力，使其鉆得更深些。待稚甲魚全部鉆入泥中，可將池水放滿，并在池頂上加蓋竹簾，簾上鋪一層20厘米~30厘米厚的稻草保溫。到第二年4月，水溫上升到16℃時，將池水放淺，留5厘米~10厘米深，讓稚甲魚自行出土。

    在越冬期間要避免室內溫度過低或過高。過低時，會使池水結冰，造成缺氧，這時要適當加溫；過高時，稚甲魚新陳代謝旺盛，影響冬眠。越冬時室溫一般控制在0℃~8℃。