防治魚病選用藥物，應嚴格按照國家和有關部門的規定，以不危害人類健康和破壞水域生態環境為基礎，以“三效”“三小”為原則。

所謂“三效”是指對魚病的防治效果高效、速效和長效；“三小”是指藥物的毒性小、副作用小和用量小。目前，市場上符合 “三效”“三小”原則的常用漁藥：

用于防治細菌、病毒性水產動物疾病和改善水域環境的潑灑用藥：氧化鈣（生石灰）、漂白粉、二氯異氰尿酸鈉、三氯異氰尿酸、二氧化氯、二溴海因、四烷基季胺鹽絡合碘等。

常用于滅殺和控制寄生蟲性原蟲病的藥物：氯化鈉（食鹽）、硫酸銅、硫酸亞鐵、高錳酸鉀、敵百蟲等。這些藥物常用于浸浴魚體、掛簍和全池潑灑。

常用于內服的藥物：土霉素、 口惡喹酸、磺胺嘧啶和磺胺甲 口惡喹酸。

常用的中草藥：大蒜、大蒜粉素、大黃、黃芩、黃檗、五倍子、穿心蓮和苦參等，可以用總草藥浸液全池潑灑和拌餌內服。