一般來說，種蛋的表皮外殼上都不同程度的帶有病菌。如果種蛋入孵前不進行消毒，不但影響孵化效果，而且還會將白痢、傷寒和支原體等疾病傳染給禽雛。因此，種蛋入孵前必須進行嚴格的消毒。

    1、新潔而滅消毒法

    此藥具有較強的除污和消毒作用，可凝固蛋白質和破壞病菌體的代謝過程，從而達到消毒滅菌的目的。種蛋消毒時，可用5％的新潔而滅原液，加50倍的水配制成0.1％濃度的溶液，用噴霧器噴灑種蛋表皮即可。

    2、漂白粉液消霉法

    將種蛋浸入含有活性氯1.5％的漂白粉溶液中3分鐘，取出瀝干后即可裝盤。值得注意的是此種消毒方法必須在通風處進行。

    3、碘液消霉法

    將種蛋置于0.1％的碘溶液中浸泡30～60秒，取出后瀝干裝盤。碘溶液的配制方法是：碘片10克和碘化鉀15克同溶于1000毫升的水中，然后倒入9000毫升的清水中即可。浸泡種蛋10次后，溶液中的碘濃度慚低，如需再用，可將浸泡時間延長至90秒，或添加部分新配制的碘溶液。