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發酵：一般情況下，雞場產生的雞糞可直接作為農作物肥料使用。但通過堆積發酵后，不僅可有效殺滅雞糞中的各種病原，而且可大大增強肥力，特別是發病雞群產生的雞糞及污物應通過發酵處理。這是一個好的污物處理方法，具體方法是定期收集雞糞、墊草等，堆積在空地上(也可堆積在一個坑里，但不能積水)，用濕泥密封進行發酵。氣溫較高的季節應堆積發酵2個月以上，冬季堆積發酵3個月以上，然后，用做農作物的肥料。
制沼氣：一個雞場可建造沼氣池，將清洗雞舍和用具的污水收集到沼氣池中進行發酵產生沼氣，沼氣可為雞場提供能源，如果沼氣量不夠，可將雞糞直接排入沼氣池發酵。通過沼發酵產生的沼液(渣)也是很好的肥料，也能有效殺滅病原。
深埋：深埋是無害化處理病死雞和污染物最常用的方法。選擇一個不污染水源、不影響周邊環境的地方，也可在雞場內的空地上，挖坑深埋病死雞。坑要有一定深度，坑底鋪上一層生石灰，雞尸體上覆蓋的泥土層厚度至少1．5米。泥土覆蓋后的地表及周圍環境應噴灑消毒。裝運尸體、污染物要用能密閉的容器或用不漏水能密閉的運輸車，防止在搬運過程中污染環境。
