掩埋消毒法　選擇地勢高燥、地下水位較低的地塊，挖一個深坑，坑的深度應達到2米以上，坑的大小應視糞便的多少而定，要使掩埋后的糞便表面距地表50厘米為宜。消毒劑可選用漂白粉或新鮮的生石灰。可以采用混合消毒的辦法，將消毒劑與污染的糞便充分混合，倒入坑內；也可先將坑內撒入一層消毒劑，然后將污染的糞便倒入，每到入4厘米~5厘米的糞便，就撒入一層消毒劑，糞便頂部撒入一層消毒劑，然后覆土掩埋，頂部堆成土堆兒。5個月~6個月后，可以挖出充當肥料。

 

　　生物消毒法　糞便中含有較多的有機質，通過堆積進行生物發酵，產生大量的熱量，可殺死糞便中的非芽孢性病原微生物。

 

　　飼養量較大的養殖場，收集的畜禽糞便比較稀薄，正常情況下可以采用發酵池法進行生物消毒。在遠離居住點和水源的地方，挖筑圓形或方形的消毒池，消毒池的邊緣與池底用磚砌好，抹上一層水泥，防止滲水，消毒池深度、寬度均可達到3米，長度視實際需要而定，池口最好蓋上水泥蓋板，只留一個倒糞口。將每天清除的糞便、墊草倒入池內，直至池滿為止。為方便使用，可以建兩個發酵池，待裝滿一個后，在裝另一個。每個發酵池裝滿后，堆積發酵13個月，即可挖出作肥料使用。

 

　　如果糞便比較干燥，可以使用淺溝法進行生物發酵。在地面挖一淺溝，深約20厘米，寬1.5米~2米，長度不限，隨糞便量確定，先在溝內堆放25厘米厚的非傳染性糞便或作物秸稈，再堆放欲消毒的糞便，高達1米~1.5米，然后在糞堆外面再鋪上10厘米厚的非傳染性糞便或谷草，覆蓋10厘米厚的沙土，3個月~5個月后，即可挖出肥田。如若糞便較稀，也可使用此法，但需要加入雜草后再堆積。牛糞含有機質較少，不容易發酵，需要摻入其他動物的糞便或雜草，兩者的比例為4∶1。

 

　　焚燒消毒法　在發生炭疽、氣腫疽、梭菌感染等傳染病時，病原菌容易產生芽孢，一般消毒方法又不能殺死芽孢，所以，糞便、飼料、污物需要采用焚燒法進行嚴格的消毒處理。

 

　　規模化養殖場要建設符合要求的糞污處理設施，如建設漏縫地板，將糞便進行干稀分離，稀薄部分進發酵池，干燥部分混合污染的飼料和其他污物，混入柴草后進行焚燒。