我國各地氣候不同，人民的生活習慣也不同，釀造出來的腐乳品質也必然不同，但其生產程序都是利用微生物的相互協同作用而進行發酵的，經過微生物產生的酶類(如蛋白酶、肽酶、淀粉酶及脂肪酶等)，把蛋白質轉化成可溶性的低分子含氧化合物、氨基酸及脂肪等。

制作方法紹興腐乳的生產工藝是以傳統操作和科學技術相結合進行的。它采用優質黃豆作為原料，經嚴格篩選、風選、除雜去殘；再經浸泡、沖洗、磨煮、濾渣、點漿、壓坯、劃坯成型(制成的半成品，要求色澤潔白，厚薄均勻，細軟而有彈性)。再將白坯放入竹籠后噴灑萬分之二的毛霉菌種(其中棋方腐乳不經毛霉發酵)；在20℃左右的氣溫下，經5天左右的前期發酵(隨著氣溫的改變、發酵時間作相應調整)，毛霉生長較快，逐漸由白色轉為黃褐色，孢子明顯、菌絲粗壯，經顯微鏡檢查無其他雜菌污染毛坯(或稱酵坯)即可腌漬，加鹽量為毛坯的30%，一層毛坯加鹽一層，紅方用人缸腌漬，醉方用竹籮腌漬、在室溫20℃左右的情況下，經10天腌漬即成腌坯(碎方腌漬時間可適當縮短)。正常腌坯色澤黃亮、堅硬，四角方整，由毛霉形成一層表皮，即可裝入壇中，進行后期發酵。入壇時加入佐料即黃酒30%、紅曲漿5%，醬籽11%及花椒等，用荷葉封口后堆疊，在25～30℃環境下，經5～6個月即可成熟。正常成品外觀紫紅色，內呈醬黃色，質地細軟，有腐乳特有芳香和含有較高的氨基酸態氮。

紹興腐乳在生產中對所用的毛霉菌都經過嚴格檢驗，在無雜菌的情況下使用。對選擇原輔料的優質，也都是很重視；腐乳裝壇時添加的黃酒，是有名的紹興老酒，能防止毛霉繼續生長和雜菌污染。當然醇還可以和有機酸結合成酯類，增加腐乳的風味。用的鹽是海鹽，這種鹽潔白、鎂的含量少、無澀味，較鮮美能促進食欲，不過它還有一個重要的作用，那就是浸提結合于毛霉菌絲上的蛋白酶。還有腐乳在生產過程中用的是鑒湖水。據有關部門測定，鑒湖水是軟水，淡水，它含有鈣、鉀等元素，還有微量的鋰，這些化學成分也是提高腐乳質量的一個因素。為了保證產品質量，紹興腐乳在生產過程中還自制優質紅曲和面醬，作為產品的輔料。