油菜籽顆粒雖小，但皮薄肉嫩，胚成熟較早，在植株上就具有發芽能力，而且吸濕性強，成熟期溫度高、雨水多，收獲后保管不好很容易吸潮生芽，喪失食用價值。在不密封、溫度高、濕度大的條件下堆放，安全水分8%的油菜籽短期內其水分含量就會上升到9%，導至發熱霉壞。油菜籽含油量高達33%，籽粒導熱性差，孔隙度小，含雜質多，堆積濕熱不宜散發。當籽堆內水分高、室內溫濕度大時，油菜籽極易發熱生霉，而且來勢猛、發展快，比任何糧食及其它油料作物的腐敗變質現像都更為嚴重、突出。當油菜籽含水量為13%左右時，常無明顯早期征兆即在一夜間溫度突然升高10度以上，菜籽表面長滿灰白色的霉菌。然后腐敗程度進一步發展，皮色由紫黑變白、肉質變紅、籽粒結塊有酸敗味、脂肪酸值增加、出油率下降，品質劣變。最后皮殼破爛、肉質呈白色。油菜籽完全失去經濟價值。新收獲的菜籽穩定性差，應加強管理，科學貯藏。

    一、干燥除雜。油菜籽收打后應及時晾曬，把水分降至7%以下。晾曬后風揚過篩除雜，冷卻后方可入倉。菜籽顆粒小、吸濕快、散熱也快，晴天時攤薄勤翻，1天可降低水分含量5%到8%，且不影響出油率和發芽率。如遇久雨不晴，應用烘干的方法降低菜籽的水分含量，烘干時溫度控制在40度到50度，干燥后清理除雜，減少雜塵，增加透氣性。

    二、合理堆存。干燥降水除雜后的油菜籽應根據加工要求和菜籽本身的情況合理堆放。含水量在10%以下準備加工榨油的，可堆2米高存放到高溫多雨季節來臨前，存放期1個月左右；水分含量在10%到13%之間的，矮堆或包裝存放，此種菜籽只能保存1到3周，若想長期存放，應將菜籽的含水量降至8%以下。

    三、密閉缺氧藥劑貯存。需長期貯存的油菜籽，低溫密閉貯藏的同時，進行缺氧和化學藥劑處理，可控制生芽、生蟲、發熱和霉變。具體方法是：用塑料薄膜嚴密封閉倉面或容器口，由于菜籽的呼吸作用，2到3周內可明顯降低容器內氧氣含量，積累二氧化碳，抑制菜籽本身和害蟲、霉菌的活動。若結合用藥，每立方米投入磷化鋁片6到9克，可殺滅和抑制害蟲與霉菌的繁殖，避免變質。