無菌檢查的所有操作均需在嚴格控制微生物污染的環境下進行，即在環境潔凈度10000級和局部潔凈度100級的單向流空氣區域內進行。無菌室應照明良好、避免潮濕、溫度適宜、有內外壓差、遠離廁所和污染區；材料應耐受清洗、消毒，墻壁與天花板、地面連接處應承弧形連接，無縫隙死角；房間內預置進風與回風口，且風口無物品遮擋。

2.1照明燈應鑲嵌在天花板內，室內光照充足且分布均勻，光照度不低于300lx。

2.2潔凈區室內溫度應控制在18-26℃，相對濕度應控制在45%-65%，實驗前與實驗中應留意觀察是否符合要求。

2.3空氣潔凈級別不同的相鄰房間之間的靜壓差應大于5Pa，潔凈室與室外大氣靜壓差大于10Pa。

2.4無菌區域應定期使用消毒劑清潔消毒（例如：0.1%的新潔爾滅、75%乙醇、84消毒劑等），重點清潔區域為進風口、回風口、墻壁拐角、地面縫隙、門把手、門縫等。

3.1定期檢查進風、循環風高效完整性，避免出現泄露情況，影響實驗結果。

3.2定期更換濾網，避免因濾網堵塞造成風量波動，影響壓差。

3.3人員進出潔凈區域房間，開關門應迅速，減少時間開關門時間，避免出現風量泄露，壓差報警；關門必須關嚴，避免出現漏風情況，造成壓差混亂；條件允許，可以使用自動門，設定開門時間、保持時間、關門時間，以此保證壓差不受很大波動影響。