微生物監控是評估生產環境衛生狀況、預防和控制微生物污染的重要手段。在保健食品的生產過程中，微生物污染可能來自原料、設備、包裝材料、空間環境以及人員等多個方面。

因此，通過微生物監控，可以及時發現潛在的污染源，采取有效措施予以消除，從而保障產品的安全性和可靠性。

1. 空氣采樣檢測法

空氣采樣法是通過采集空氣中的微生物進行檢測。這種方法通常使用空氣采樣器進行采樣，然后將采樣器中的空氣萃取到培養基中進行培養。通過培養，可以檢測出空氣中存在的各種微生物。

2. 表面采樣檢測法

表面采樣法是通過采集生產車間表面的樣品進行檢測。這種方法通常使用消毒棉簽或者消毒布進行采樣，然后將樣品放入培養基中進行培養。通過培養，可以檢測出表面存在的各種微生物。

3.車間人員手部采樣檢測法

被檢人五指并攏，將浸有無菌生理鹽水采樣液的棉拭子一支在雙手指曲面從指根到指端來回涂擦各兩次（一只手涂擦面積30cm2），并隨之轉動采樣棉拭子，剪去手接觸部位；將棉試子放入裝有10ml 采樣液的試管內，采樣面積按平方厘米(cm2) 計算。

1.采樣：選取合適的采樣點和采樣方法，劃分采樣區域。

2.預處理：采樣后將樣品進行預處理，除去干擾物質，為后續檢測做好準備。

3.分離和培養：將品種類和數量不同的微生物分離出來，并在不同的培養基上培養，形成可視化的菌落。

4.鑒定：對菌落進行進一步的生理生化特征檢測，確定微生物的種類。

5.統計和分析：對檢測結果進行統計和分析，得出檢測結論，并對結果進行解讀和評價。