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菌種活化就是將保藏狀態的菌種放入適宜的培養基中培養，逐級擴大培養得到純而壯的培養物，即獲得活力旺盛的、接種數量足夠的培養物。菌種發酵有一般需要2-3代的復壯過程，因為保存時的條件往往和培養時的條件不相同，所以要活化，讓菌種逐漸適應培養環境。
一般菌種臨時存放及活化
無菌培養
平板劃線分離法
一般操作過程
1、在無菌操作下，用無菌微量吸管，從已溶解的管中吸取50μL（或1-2滴）的菌液，滴入固態指定培養基（培養基編號及溫度示于菌株訂購單）某一邊緣附近，以劃線法接種于培養基。
2、將接種好的培養基置于指定溫度的培養箱中培養。
3、在無菌環境下，以沾有75%酒精的棉花擦拭外管，在火焰上加熱外管之尖端。滴數滴無菌水于加熱處，使外管破裂，再以硬棒敲破尖端。取出隔熱纖維紙和內管，以滅菌過的鑷子取出內管之棉塞。
4、（a）適用于細菌用無菌吸管，吸取0.3-0.5mL指定之液體培養基，滴入內管內，并輕微震蕩（可用該吸管協助），直到均勻懸浮。（b）適用于霉菌、酵母菌用無菌吸管，吸取0.3-0.5mL無菌水，滴入內管內，待干燥粉末溶解后，以無菌吸管吸取并滴入約含有5ml無菌水之試管內，輕微震蕩使其均勻后，靜置30至60分鐘。
5、取0.1-0.2mL之菌體懸浮液于指定的平板培養基上，做劃線分離培養或做成一系列之稀釋，用無菌L型玻棒均勻涂抹，以檢驗菌種之純度及活化情形，而剩余的菌體則全部移入指定的液體培養基內，并依指定的溫度培養之。
6、某些菌種經過冷凍干燥保存后，遲滯期較長，必須等培養二倍時間后才能長出，且再經過一、二次繼代培養后才能正常生長。經過以上的努力后仍培養失敗，才視為不能活化。
7、未開封之冷凍干燥管，請冷藏于4℃冰箱，切勿冷凍保存。
